يتم إجراء التنظيف العميق للثة والأسنان عبر تقنية تقليح الأسنان وكشط الجذر والتي يقوم بها طبيب الأسنان في عيادته بأدوات خاصة، ويتم اللجوء لها عند إصابة اللثة بالعدوى بسبب تراكم الجير، حيث تسبب العدوى دون تنظيف عميق؛ جيوباً أو اتساعاً بين خط اللثة والأسنان، كما يمكن أن تؤدي أحياناً إلى فقدان الأسنان، أو فقدان النسيج الضام حولها.
يستخدم الطبيب في التنظيف العميق أداة حديدية لتقشير الجير يدوياً من على الأسنان، وقد يلجأ لاستخدام أداة تعمل بالموجات فوق الصوتية مزودة بطرف معدني مهتز فضلاً عن رذاذ الماء لإبعاد الجير.
يتسبب هذا التنظيف ببعض الألم وقد يستخدم الطبيب البنج قبل البدء في حال كانت اللثة حساسة